Con atto rogato dal notaio Milanesi, il 21 ottobre 1595, l’Arcivescovo di Firenze concesse alla compagnia della Misericordia da poco costituitasi di poter fare adunanza in questa chiesa.

Dall’antico oratorio fu presumibilmente trasportata nel nuovo l’immagine della Madonna con il bambino in trono fra due angeli, oggi popolarmente conosciuta come “Madre di Misericordia”. Tale dipinto è più antico del 1342, data della fondazione del primo oratorio, ed è facile supporre che in precedenza esso trovasse posto in una piccola cappella situata lungo la strada che congiungeva Firenze a Pisa. L’ altare di destra accoglie un dipinto di Giuseppe Collignon, raffigurante i “Santi Tobia e Sebastiano”, patroni della Confraternita.
L’altare di sinistra riporta invece un dipinto consacrato a San Rocco eseguito nel 1734 dal pittore Fiorentino Francesco Conti.

Nella prima metà dell’Ottocento Il provveditorato di Don Vincenzo Strupeni segnò un periodo di grande attività innovatrice, non solo nell’organizzazione della Confraternita, ma anche nel restauro dell’Oratorio di Santa Maria. Nel 1823 fu acquistato un nuovo organo, più grande del precedente, dall’ organaio Michelangelo Paoli e, negli anni seguenti, fu rinnovata la mostra dell’organo e la cantoria. Furono inoltre rinnovati gli arredi sacri ed i paramenti.
Nel settembre 1841 Vincenzo Strupeni lascio l’incarico di Provveditore a causa del suo compromesso stato di salute. Nel 1860, sotto il provveditorato di Giuseppe Cappiardi, il Magistrato decise di porre all’interno della Chiesa anche un monumento dedicato al sacerdote, collocato alla sinistra dell’altare.

L’ Oratorio della Misericordia accoglie la S. Messa domenicale aperta a tutta la popolazione ed accoglie inoltre i momenti celebrativi della nostra Misericordia.